自分が思い描く主人公って作者それぞれですよね。漫画のストーリーに合わせたキャラクター作りなど様々な作り方があると思います。
しかし、そんな主人公も雑誌によっては読者に受け入れられないことがあります。
少年誌の読者に嫌われる主人公とは
絶対とは言わないが、少年漫画で読者に好かれにくい主人公像というものがあります。雑誌ごとにカラーというものがあるので、漫画を読んでくれる人を思い浮かべて描く必要があります。
女性の主人公はウケにくい
少年誌において女性の主人公というものはウケにくいです。読む読者層は少年であり、読者は自分自身に投影するので感情移入がしにくいのが原因です。小学生の少年を思い浮かべてみてください、男の子たちはみんな悟空やルフィなどのマネをしていると思います。ブルマやナミといったキャラに憧れている男の子はいないと思います。
他にも、女性がこぞって少年誌を読んでいるというのも影響しています。言葉は悪いですが、世間で言う腐女子というものですね。男性キャラクターを可愛いやカッコいいと認識して、憧れの人とすることが多いみたいです。
もし、女性が主人公の漫画を描きたいのであれば少女漫画を視野に入れるといいと思います。
才能はあるが、やる気のない主人公
少年誌の主人公を思い浮かべて下さい。とにかく元気がいいと思います。何をやるのも全力で楽しそうで、辛い修行なども頑張る姿が魅力的です。
やる気のない主人公は、年齢層が少し高めの設定と言えます。何故そのようなことになったのかといったバックボーンが非常に重要。そういった長い目で見たストーリー展開には少年はついていきにくいんだと思います。
やる気のない主人公も、もちろん少年誌ではいます。るろうに剣心の緋村抜刀斎などは過去に大量の人斬りを行った結果が現在の腑抜けた流浪人という設定です。やるときはやる!というギャップを見せることで読者を魅了できますが、ターゲットとなる読者は少年よりも青年と言えます。

どうも、ぷ~です。
どういった人たちを意識して漫画を描かないと編集部でNGを出される場合があります。そんな時は他の出版社に回ってみるのもいいかなと。